Theo thống kê, Bayern đã có tổng cộng là 8 lần vào chung kết ở giải đấu số một châu Âu này và thắng 4, 4 thua. Và có lẽ thất bại khiến họ nhớ nhất và đau nhất là trận thua Man United trong trận chung kết Champions League năm 1999 trên sân Nou Camp (Barcelona).
1999, Barcelona: Bayern Munich 1-2 Man UnitedĐó là lần đầu tiên Bayern Munich vào chung kết giải đấu cao nhất của châu Âu khi nó được đổi tên thành Champions League. Ở trận đấu ấy, đội bóng vùng Bavaria đã trải quả đầy đủ mọi cảm xúc từ vui sướng đến nỗi buồn tột đỉnh, từ thăng hoa đến thất vọng, từ nụ cười tới những giọt nước mắt.
Mario Basler ghi bàn đưa Bayern vượt lên từ rất sớm. Chiến thắng tưởng như đã cầm chắc trong tay đội bóng Đức khi đến phút thứ 90 họ vẫn dẫn 1-0. Thế nhưng mọi thứ đã thay đổi nhanh tới chóng mặt, chỉ sau có 2 phút bù giờ, tỷ số đã là 2-1 cho Man United sau 2 pha lập công cực nhanh của Sheringham và Solskjaer. Chức vô địch đã vuột khỏi tay Bayern theo cách không thể tin nổi.
Ngay cả huyền thoại bóng đá Đức, Franz Beckenbauer cũng phải thốt lên rằng: "Thật không thể tưởng tượng được, đó lẽ nào lại là kết quả xứng đáng trong một trận bóng đá. Trong suốt sự nghiệp cầu thủ, tôi chưa bao giờ chứng kiến điều tương tự".
1982, Rotterdam: Bayern Munich 0-1 Aston VillaSau 2 lần vào chung kết và thắng cả 3 ở các năm 1974, 1975 và 1976, Bayern Munich đã biết thế nào là thất bại. Đó cũng là thất bại đầu tiên trong các trận chung kết giải đấu danh giá nhất châu Âu của đội bóng này và đáng buồn thay khi đội đã hạ gục họ là Aston Villa, một đội bóng của Anh.
Đó là một trận đấu không đến nỗi tồi của đội bóng có biệt danh là Hùm xám Munich nhưng chỉ một bàn thắng của tiền đạo Peter Withe ở phút 67 là quá đủ khiến họ phải ngậm đắng nuốt cay ra về với 2 bàn tay trắng.
1987, Vienna: Porto 2-1 Bayern Munich Trước sự chứng kiến của tận 62.000 CĐV, Bayern Munich đã có những sự khởi đầu hết sức thuận lợi. Họ được đánh giá cao hơn so với Porto và cũng đã chứng minh được điều đó khi có bàn thắng mở tỷ số ngay ở phút thứ 24 do công của Ludwig Kögl. Tuy nhiên sự thất vọng đã sớm ập tới với đội bóng này khi họ để tiền đạo người Algeria, Madjer chọc thủng lưới ở phút thứ 78. Chỉ 2 phút sau đó, tỷ số đã là 2-1 cho Porto với pha làm bàn của cầu thủ người Brazil, Juary và chiến thắng đã thuộc về đội bóng Bồ Đào Nha.
Sau trận đấu, HLV Udo Lattek của Bayern đã buộc phải thốt lên rằng đây là thất bại cay đắng nhất trong sự nghiệp của ông. Bayern đã chơi hay nhưng cuối cùng lại để thua một đội bóng kém hơn mình và đó là điều không thể chấp nhận nổi. Và đáng buồn hơn khi đây cũng là trận đấu cuối cùng của ông cùng đội bóng vùng Bavaria này.
2010, Madrid: Bayern Munich 0-2 Inter MilanLại thêm một thất bại đau buồn nữa của đội bóng Đức này. Họ vào chung kết một cách đầy thuyết phục và đối đầu Inter với tư cách là đội cửa trên. Tuy nhiên đó lại là trận thua tâm phục khẩu phục nhất của Bayern so với 4 lần thua ở chung kết nói trên. Họ đã thất bại trước một Inter chơi cực kỳ hợp lý, chặt chẽ và mưu mẹo. Cho dù HLV Louis van Gaal của Bayern còn giận giữ tới cả 7 tháng sau đó khi cho rằng ông đã thua một Inter không chơi bóng mà chỉ biết phá bóng.