Liverpool, Viktoria Plzen là hai đội bóng bất ngờ có được ngôi đầu bảng khi hai đối thủ chính của họ là Anzhi và Atletico Madrid đều thua ở lượt cuối. Bên cạnh đó, Europa League cũng phải nói lời chào tạm biệt với những đội bóng có tên tuổi khác là Udinese, Marseille, Á quân Europa League mùa trước Athletic Bilbao, Panathinaikos, Rosenborg và Twente

Bảng A: Liverpool, Anzhi



Bảng B: Atletico Madrid, Viktoria Plzen


Bảng C: Fenerbahce, Gladbach


Bảng D: Newcastle, Bordeaux


Bảng E: Stuttgart, Steaua Burcuresti


Bảng F: Dnipro Dnipropetrovsk, Napoli


Bảng G: Genk, Basel (Fehervar có thắng ở trận đá bù cũng thua về đối đầu)


Bảng H: Rubin Kazan, Inter


Bảng I: Lyon, Sparta Praha


Bảng J: Lazio, Tottenham


Bảng K: Metalist, Leverkusen


Bảng L: Hannover, Levante


24 đội bóng vượt qua vòng bảng Europa League nói trên sẽ cùng 8 đội bóng bị loại từ vòng bảng Champions League: Chelsea, BATE, Benfica, Cluj, Dynamo Kiev, Olimpiakos, Zenit, Ajax bốc thăm phân cặp cho vòng knock-out.

Lễ bốc thăm vòng knock-out sẽ diễn ra vào ngày 20/12/2012. Trận lượt đi vòng 1/16 bắt đầu vào ngày 14/2/2013 và lượt về ngày 21/2/2013. Trận chung kết sẽ diễn ra ở sân Amsterdam Arena (Ajax, Hà Lan) vào ngày 15/5/2013.