Khi lượt đi V-League 2012 mới đi qua được 1/3 chặng đường, Thanh Trung gửi đơn đề nghị gia hạn hợp đồng với CLB Hà Nội. Tuy nhiên, do không đạt được thỏa thuận, tiền vệ này đã chia tay đội bóng Thủ đô vào giữa mùa 2012 và về thi đấu cho QNK.QN theo hợp đồng có thời hạn 3 năm kèm tiền lót tay 5 tỷ đồng. Mới thi đấu cho đội bóng xứ Quảng được nửa mùa giải, thì bây giờ Thanh Trung đã đầu quân cho HN.T&T và anh sẽ khoác áo đội bóng này trong 2,5 năm tới.

Thực tế, lâu nay HN.T&T rất muốn có Thanh Trung. Song vì thời điểm giữa Thanh Trung và CLB Hà Nội dùng dằng chuyện ký hợp đồng mới, đội bóng do HLV Phan Thanh Hùng dẫn dắt không xuất hiện nên bây giờ, họ mới mua lại Thanh Trung từ QNK.QN. Với  sự có mặt của Thanh Trung, lực lượng của HN.T&T sẽ tăng thêm độ dày, có nhiều phương án xoay vòng. Mặt khác, khả năng xuyên phá tốt bên hành lang cánh của Thanh Trung cũng là vũ khí lợi hại giúp các miếng đánh của HN.T&T thêm phần sắc sảo.