Tương lai của Pepe trước khi mùa giải 2013/14 khởi tranh không thực sự rõ ràng, do lối chơi quyết liệt đôi khi quá mức của anh bị đánh giá là không phù hợp với phong cách của HLV mới Ancelotti. Đặc biệt là khi có tin HLV Manuel Pellegrini của Man City bày tỏ sự  ngưỡng mộ đối với anh và đang cố gắng chèo kéo Pepe về sân Etihad.

Tuy nhiên, HLV Carlo Ancelotti ngay trong buổi họp đầu tiên với BLĐ Real đã yêu cầu chủ tịch Perez phải giữ bằng được ngôi sao người Bồ Đào Nha.

HLV Ancelotti hiểu rõ chỉ có hai trung vệ thực thụ là Ramos - Varane cho một mùa giải kéo dài là quá nguy hiểm. Kinh nghiệm và đẳng cấp của Pepe vẫn rất cần cho Real.

Trong mùa giải vừa qua, Pepe mất vị trí vào tay Raphael Varane, mối quan hệ giữa Pepe và cựu HLV Mourinho cũng rạn nứt. Cầu thủ người Bồ Đào Nha từng chỉ trích Mourinho đối xử không công bằng với thủ thành Iker Casillas.