Cầu thủ 21 tuổi đang trải qua một mùa bóng khó khăn. Bị chấn thương hành hạ, Jones mới xuất phát trong 16 trận của M.U mùa này. Trong những trận ấy, Jones luôn thể hiện được những khả điểm mạnh của mình: sức mạnh, tốc độ và khát khao chất bỏng. Nhưng đến lúc này, dù nhận định chàng trai trẻ của mình có tiềm năng hàng đầu, có vẻ như Ferguson vẫn chưa quyết được là sẽ để anh chơi ở vị trí nào.
Thời còn ở Blackburn, Jones làm nên tên tuổi của mình ở vị trí trung vệ. Nhưng ở M.U mùa này, anh đã bị dời sang đá hậu phải, kéo lên đá tiền vệ trung tâm. Điều đó có thể sẽ ảnh hưởng đến sự tiến bộ của Jones.
Ferguson thừa nhận: "Tôi thật sự cũng không biết vị trí tốt nhất của anh ấy là gì nữa. Phil có thể chơi ở mọi vị trí trên sân, nhưng chắc chắn anh ấy là một trong những cầu thủ tốt nhất mà chúng tôi từng có".
Mùa này, Jones đã có những trận đấu thật sự hiệu quả ở vị trí tiền vệ trung tâm. Trận gặp Real Madrid ở tứ kết lượt đi Champions League, Jones đã khiến cho Cristiano Ronaldo phải tắt điện. Khả năng bao quát tốt của Jones giúp M.U có một phòng tuyến phòng ngự từ xa hiệu quả. Sir Alex có thể để Jones định hình luôn ở vị trí ấy, thay vì di dời anh liên tục như mùa này.