Cuộc chạm trán đầu tiên giữa Mourinho và M.U đến vào năm 2004, khi Porto của ông bất ngờ loại M.U ra khỏi vòng 1/8 Champions League. Khi Sir Alex Ferguson có ý chê thủ thành Vitor Baia đã dùng mánh khóe để khiến thủ quân Roy Keane của M.U bị đuổi, Mourinho đáp trả: “Tôi biết ông ấy có chút bức xúc. Ông ấy sử dụng vài cầu thủ hàng đầu thế giới và chờ đợi một kết quả tốt hơn trước đối thủ có ngân sách chỉ bằng 1/10 đội của mình”.

Khi kết thúc mùa Champions Leage thành công ấy, Mourinho đến Chelsea và sớm tái ngộ M.U ngay vòng đấu mở màn Premier League. Ông lại tận hưởng chiến thắng với bàn duy nhất của Eidur Gudjohnsen. Lần này Mourinho phát ngôn dễ nghe hơn: “Tôi có nói với Ngài Ferguson là Man United không xứng phải thua trận này”.

Nhưng sự nhã nhặn ấy không kèo dài lâu. Khi tái ngộ M.U tại tứ kết Cúp Liên đoàn 2004/05, Mourinho đã chỉ trích đối thủ của mình gian lận và bị phạt 5.000 bảng. “Sir Alex quá sức khôn ngoan khi gây áp lực cho trọng tài trong giờ nghỉ”, Mourinho nói khi ấy. “Trong hiệp 2 chỉ toàn là tiếng còi và tiếng còi, phạm lỗi và phạm lỗi, gian dối và gian dối”.

Chelsea sớm kết thúc Premier League mùa 2004/05 với ngôi vô địch và đánh bại M.U 3-1 trong trận đấu thủ tục vào tháng 5. Đấy là khi các cầu thủ M.U bày tỏ sự mã thượng khi xếp hàng và vỗ tay cho các tân vương. Mourinho rất cảm kích: “Ở Bồ Đào Nha mà các cầu thủ làm thế, họ sẽ ăn chai lọ từ khán giả”.

Trong thời gian Mourinho ở Anh, có thể thấy M.U chính là đội bóng mà ông dành nhiều sự tôn trọng nhất, khác hẳn với những cuộc tranh cãi nảy lửa với Liverpool của Rafa Benitez và Arsenal và Arsene Wenger. Khi trở lại Chelsea mùa Hè năm ngoái, Mourinho cũng trở thành người hiếm hoi bênh vực M.U khi đội này thi đấu trầy trật dưới thời David Moyes. “Nếu có một đội bóng nào đó có thể thoát ra hoàn cảnh hiện tại thì đấy chỉ có thể là M.U mà thôi”, Mourinho nói.